ดร.เอนก เหล่าธรรมทัศน์ ส่งตัวแทนสมัครรับเลือกตั้งในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรในไทย พ.ศ. 2548 นำเสนอนโยบายที่ใช้ชื่อ "สองนคราประชาธิปไตย" และประกาศตัวพร้อมจะเป็นนายกรัฐมนตรี แต่พรรคได้รับเลือกเพียง 2 ที่นั่ง แม้กระทั่งในเขตจังหวัดพิจิตร นายศิริวัฒน์ ขจรประศาสน์ บุตรชายพลตรีสนั่น ก็ยังไม่ได้รับเลือก ในการเลือกตั้งครั้งนี้พรรคได้คะแนนเสียงระบบบัญชีรายชื่อไม่ถึง 5% ทำให้ทั้งนายเอนก และพลตรีสนั่น ไม่ได้เป็น ส.ส.

หลังการเลือกตั้ง ดร.เอนก ในฐานะหัวหน้าพรรคมีปัญหากับกรรมการบริหารพรรคคนอื่นๆ จึงประกาศลาออกจากตำแหน่งหัวหน้าพรรค และกรรมการบริหารพรรคมหาชนมีมติให้ พลตรีสนั่น รับตำแหน่งหัวหน้าพรรคต่อ

การที่พรรคมี ส.ส. เพียงสองคน โดยที่หัวหน้าพรรค และประธานที่ปรึกษาพรรคเป็น ส.ส.สอบตก ทำให้ ส.ส.ของพรรคคือ นายตุ่น จินตะเวช จากจังหวัดอุบลราชธานี และนางทัศนียา รัตนเศรษฐ จากจังหวัดนครราชสีมา ดำเนินการทางการเมืองเป็นอิสระ และหันไปสนันสนุนพรรคไทยรักไทย โดยที่ทางหัวหน้าพรรคก็ไม่สามารถดำเนินการใดๆ ได้ เพราะในระเบียบระบุว่าการประชุมพรรคเพื่อขับสมาชิกพรรค (คือนายตุ่น และนางทัศนียา) ต้องมี ส.ส.ของพรรคร่วมอยู่ด้วย

การเลือกตั้งซ่อมจังหวัดพิจิตร

ผลการเลือกตั้งซ่อมในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2548 พื้นที่เขต 3 จังหวัดพิจิตร นายศิริวัฒน์ ขจรประศาสน์ ผู้สมัครหมายเลข 1 ของพรรคมหาชน บุตรชาย พล.ต.สนั่น มีคะแนนนำห่างนายนาวิน บุญเสรฐ จากพรรคไทยรักไทย กว่า 17,000 คะแนน[10] ได้รับเลือกตั้งเป็น ส.ส. คนที่ 3 ของพรรคมหาชน[11]